古くから地主神６神を祀ってきましたが、仁和元年(885)、伊勢国瀧原宮並宮の長由介神社の祭神２神を勧請しました。この神々は水門の神であり、神社が２つの川の合流部に近く、水害が多かったため合祀したとされています。瀧原宮にちなみ瀧大明神と呼ばれていましたが、室町時代に地頭・岩室家俊が「樹」の字を加えて瀧樹大明神と改めたことが、名前の由来と伝えられています。また、一帯にはユキワリイチゲが自生しており、その保護が図られています。